Akcja gry Alien Quarantine rozgrywa się na terenie tajnego laboratorium, w którym przeprowadzane są eksperymenty na schwytanych obcych stworzeniach. Jednemu z kosmitów udało się uwolnić, uwolnił pozostałych i w laboratorium zaczął się prawdziwy chaos. Bohater gry Alien Quarantine zostaje wysłany na zwiad, ale staje twarzą w twarz z niebezpiecznym wrogiem. Musi przywrócić system bezpieczeństwa, aby zapobiec włamywaniu się potworów do innych sektorów. Aby to zrobić, musisz aktywować kilka urządzeń, poruszać się i strzelać, unikając ataków obcych.
