Epidemia nawiedziła miasta i miasteczka w Operacjach Epidemii. Utworzono strefy kwarantanny w oczekiwaniu na przybycie szczepionki, ale liczba zarażonych osób wzrosła i choroba zaczęła mutować. Żadna szczepionka nie jest w stanie przywrócić mutanta do ludzkiej postaci, dlatego zdecydowano się przeprowadzić czystkę w strefach kwarantanny. Twój bohater pójdzie do wykonania zadań, a Ty mu pomożesz. Jego misja zamieni się w przetrwanie, ponieważ w Outbreak Ops jest zbyt wielu mutantów. Będziesz musiał działać szybko, aby uniknąć otoczenia.
